Das Kupferstichkabinett im Kunstmuseum Basel ist die grösste öffentliche Sammlung von Handzeichnungen, Aquarellen und Druckgrafik in der Schweiz (insgesamt ca. 300'000 Werke). Es gehört im internationalen Vergleich zu den bedeutendsten Sammlungen von Kunstwerken auf Papier.

Die Bestände an alter Kunst gehen im Wesentlichen auf die Sammlung des Basler Juristen Basilius Amerbach (1533–1591), die von der Stadt Basel im Jahr 1661 angekauft wurde und auf die Sammlung des Remigius Faesch, die 1823 der Universität übergeben wurde, zurück.

Die Sammlung Amerbachs mit den grossen Konvoluten aus Werkstattzusammenhängen oberrheinischer Künstler – von Holbein bis Hans Bock d.Ä. – prägt bis heute nicht nur den Charakter der Sammlung, sondern bestimmte auch die Ankaufs- und Sammlungspolitik bis in die jüngste Zeit, so auch noch die Erwerbung der umfangreichen Gruppe von Skizzenbuchblättern von Paul Cézanne.

Im 20. Jahrhundert verleihen die Werkgruppen von Joseph Beuys, Andy Warhol, Jasper Johns, Brice Marden, Bruce Nauman, Francesco Clemente, Georg Baselitz, A.R. Penck, Rosemarie Trockel, Martin Disler und anderen der Sammlung ihr einmaliges Gesicht. Zeichnungen stehen bei Erwerbungen jeweils im Vordergrund, auch dies unterscheidet das Kupferstichkabinett Basel von anderen Sammlungen.

Die Erwerbung von zeitgenössischer Kunst wird durch den Karl August Burckhardt-Koechlin Fonds wesentlich unterstützt, der seine Sammlung im Kupferstichkabinett Basel deponiert hat.

Die Bestände der Sammlung werden regelmässig in Wechselausstellungen, auch unter thematischen Gesichtspunkten, präsentiert und durch Ausstellungs- und Sammlungskataloge erschlossen. Daneben besteht die Möglichkeit, sich in einem Studienraum Originale vorlegen zu lassen.